Marco Goecke is geboren in Wuppertal (Duitsland). Hij begon zijn balletopleiding in 1988, waarna hij gedanst heeft bij de Deutsche Staatsoper Berlin en het Theater Hagen Ballet. Daar maakte hij zijn eerste choreografische werk, Loch, dat later werd uitgevoerd in het kader van het Internationale Choreografieconcours in Hannover (Duitsland). In 2001 creëerde Goecke zijn eerste werk voor het Ballet van Stuttgart, Chicks. Sindsdien heeft hij diverse choreografieën voor dat gezelschap gemaakt. In 2002 werd Marco Goecke door het Choreographic Institute te New York, dat is gelieerd aan het New York City Ballet, uitgenodigd om een werk te creëren voor het Diamond Project en het New York City Ballet. Dat stuk, Mopey, is inmiddels uitgevoerd op het Jacob's Pillow Festival, de Biennale in Venitië en het Pina Bausch Festival in Wuppertal en tevens bij het Pacific Northwest Ballet in Seattle (Washington).

Goecke heeft zich ook beziggehouden met opera; in 2003 creëerde hij een solo voor Die verkaufte Braut bij de Opera van Stuttgart. Dat zelfde jaar deed hij als choreograaf mee aan de strijd om de Prix Dom Perignon in Hamburg, waar hij de eerste prijs won met Blushing, een stuk voor acht dansers. Blushing is sindsdien op het repertoire genomen door het Ballet van Stuttgart, John Neumeier’s Hamburg Ballet en Scapino Ballet Rotterdam. In 2005 kwam hij met Sweet Sweet Sweet voor het Ballet van Stuttgart, dat ook door het Staatsballet Hannover te München is uitgevoerd. Voor het Hamburg Ballet maakte hij, eveneens in 2005, Beautiful Freak. In datzelfde jaar won hij de kunstprijs van de Landesstiftung Baden-Württemberg, werd hij huischoreograaf van het Ballet van Stuttgart en creëerde hij Der Rest ist Schweigen voor Scapino Ballet Rotterdam. Ook maakte hij de zeer succesvolle solo Äffi, die inmiddels op vele gala's is vertoond. In 2006 creëerde hij Alles op een tekst van Ingeborg Bachmann voor het Ballet van het Staatstheater Braunschweig en Vicious Wishes voor Stuttgart. In december 2006 ontving hij de Nijinsky Award voor meest belovende en opvallende choreograaf en maakte hij zijn eerste avondvullende ballet, De Notenkraker, dat bij het Ballet van Stuttgart in première ging. In februari 2007 bracht Scapino Ballet Rotterdam zijn stuk Beautiful Freak, in dat voorjaar creëerde hij Sonett voor het Leipzig Ballet en in het najaar Bravo Charlie voor Scapino Ballet Rotterdam. Tevens werd zijn succesvolle stuk Sweet Sweet Sweet door de Donlon Dance Company en het Ballet Theater München op het repertoire gezet. Voor zijn Notenkraker werd Marco Goecke genomineerd voor de Duitse theaterprijs “DER FAUST 2007”. In 2008 heeft hij voor het Leipzig Ballet Suite Suite Suite gecreëerd, voor Stuttgart Alben, voor Monte Carlo Whiteout en voor Nederlands Dans Theater 2 Nichts.

In 2010 creëerde hij Pierrot Lunaire voor Scapino Ballet Rotterdam en Orlando, gebasserd op de roman van Virginia Woolf, voor Stuttgart Ballet. In de herfst ging For Sascha in première in New York.

In 2011 maakte Goecke samen met Ed Wubbe, het avondvullende ballet Songs for Drella, over  Andy Warhol. In hetzelfde jaar ging  Place a Chill in première bij  Pacific Nothwest Ballet in Seattle, Dearest Earthly Friend bij Les Ballets de Monte Carlo en maakte hij een nieuwe solo In sensu bij Stuttgart Ballet. Zijn bestaande werk wordt uitgevoerd door dansgezelschappen over de hele wereld.

In 2012 creëerde Goecke het stuk Garbo Laughs speciaal voor Nederlands Dans Theater 1 en Black Breath voor het Stuttgart Ballet. In april van dat jaar ging zijn stuk And the sky on that cloudy old day in première bij het Staatsballet in Berlijn. In november ging het avondvullende Dancer in the dark, een samenwerking tussen Stuttgart Ballet en Stuttgart state, in première. Op dit moment werkt Goecke aan een solo voor Eric Gauthier en een wereldpremière voor het Royal Swedish Ballet in Stockholm.

Marco Goecke zal vanaf seizoen 2013/2014 als ‘associate choreographer’ verbonden zijn aan Nederlands Dans Theater voor een periode van drie jaar.